Fácil.
1. Abro un Terminal en Aplicaciones>Accesorios>Terminal o en Aplicaciones>Herramientas del sistema>Terminal o pulsando la combinación de teclas Alt+F2 y escribiendo gnome-terminal o mate-terminal y haciendo clic con el botón izquierdo sobre el botón señalado con la palabra Ejecutar
2. Ejecuto el siguiente comando desde el directorio/carpeta superior de todos los que quiero limpiar
find ./ -type f -name "*.jpg" -exec rm -vf {} ";"
Nota: cambio la extensión .jpg por la del tipo de archivo que quiera eliminar
Y pista.