Fácil.

1. Clic con el botón izquierdo en el panel de GNOME>Aplicaciones>Herramientas del sistema>Editor de configuración

2. Expando el árbol de directorios de la zona de la izquierda />Apps>gnome-terminal>keybindings hasta llegar a keybindins, donde puedo configurar los atajos de teclado para el Terminal de GNOME

3. En las entradas copy y paste sustituyo la opción predeterminada <Ctrl><Shift>c y <Ctrl><Shift>v por <Ctrl>c y <Ctrl>v respectivamente

4. Cierro

Y pista.